Конкуренция в растительных сообществах не ограничивается только водой и питательными веществами. Отдельные виды используют биохимическое и физическое «оружие» против ближайших соседей, превращая общий почвенный слой в поле ожесточённой борьбы. Этот процесс, известный как аллелопатия, позволяет одному растению подавлять прорастание семян, рост и даже выживание других видов, укоренённых всего в нескольких сантиметрах рядом.

В ризосфере корни выделяют специфические вторичные метаболиты — корневые экссудаты, такие как фенольные кислоты и терпеноиды, — которые вмешиваются в деление клеток, скорость фотосинтеза и гормональную сигнализацию у соседних растений. Эти соединения уменьшают чистую первичную продуктивность конкурента и снижают его репродуктивный успех. Над поверхностью почвы плотные кроны и широкие листья усиливают перехват света, обостряя асимметричную конкуренцию за фотосинтетически активную радиацию и фактически загоняя соперников в углеродный дефицит из-за затенения.

Специалисты в сельском хозяйстве теперь описывают такие взаимодействия терминами «разделение ресурсов» и «отрицательная зависимость от плотности», поскольку разрыв в урожайности между совместимыми и несовместимыми вариантами совместных посевов может быть значительным. Некоторые сочетания культур и сорняков демонстрируют резкое снижение биомассы, когда доминируют аллелопатические виды, вынуждая земледельцев пересматривать стратегии смешанных посадок. В природных экосистемах те же механизмы незаметно перестраивают структуру растительных сообществ и влияют на долговременное совместное существование видов.

То, что выглядит как спокойный зелёный участок, на уровне молекул и кроны представляет собой непрерывное противоборство за химическое пространство и солнечный свет, которое происходит в полной тишине.