Дорожный супербайк с зеркалами и креплением под номер умудряется раскручиваться далеко за одиннадцать тысяч оборотов и выдавать свыше двухсот лошадиных сил, потому что к двигателю Дукати Сто Двадцать Девять Девять Панигале Эр Финал Эдишн относятся как к немного «успокоенному» гоночному мотору, а не как к форсированному дорожному. Ключ к этому — в эффективности механического наполнения цилиндров, а не в наддуве.

Двигатель представляет собой высокофорсированный V‑образный двухцилиндровый агрегат с очень большим диаметром цилиндра и коротким ходом поршня. Такое сочетание снижает среднюю скорость поршня на высоких оборотах и удерживает механические нагрузки в пределах усталостной прочности материалов. Десмодромный привод клапанов заменяет обычные клапанные пружины, поэтому движение клапанов полностью подчинено профилю распредвалов и не страдает от зависания на экстремальных оборотах, что сохраняет точность фаз газораспределения и высокий коэффициент наполнения.

Лёгкие детали помогают сократить разрыв по термодинамической и механической эффективности, который обычно перекрывают турбонаддувом. Титановые шатуны и выпускные клапаны уменьшают массу возвратно‑поступающих частей и их инерцию, сбалансированный коленчатый вал и низкофрикционные покрытия снижают паразитные потери. Крупные впускные каналы, воздушный короб с повышенной пропускной способностью и настроенная выпускная система используют динамику давления в выпускных коллекторах, чтобы улучшить продувку цилиндров и наполнение их свежей смесью без какого‑либо наддува.

Современный блок управления двигателем контролирует угол зажигания, впрыск топлива и электронную дроссельную заслонку в замкнутом контуре, удерживая процесс сгорания в безопасной зоне по детонации даже при высокой степени сжатия. Жидкостное охлаждение и тщательно рассчитанные масляные каналы стабилизируют рабочую температуру и отвод тепла от головок блока и поршней, благодаря чему мотор способен снова и снова выходить на такие уровни мощности и оборотов в обычных дорожных условиях.